默克限制性內切酶是一類能從DNA分子中間水解磷酸二酯鍵,從而切斷雙鏈DNA的核酸水解酶。它們不同于一般的脫氧核糖核酸酶（DNase）,它們的切點大多很嚴格，要求專一的核苷酸順序——識別順序。長期以來，難以深入研究的DNA大分子,借此可以切割成特定的小片段來分析。限制性核酸酶的發現,為基因結構、DNA堿基順序分析和基因工程的研究開辟了途徑。
能將外來的DNA切斷，即能夠限制異源DNA的侵入并使之失去活力，但對自己的DNA卻無損害作用，這樣可以保護細胞原有的遺傳信息。由于這種切割作用是在DNA分子內部進行的，故名默克限制性內切酶。
影響內切酶活性的因素有多種，稍有不慎，可能就會導致酶切反應的失敗，除了常見的底物濃度、反應溫度等因素，還有以下三種需額外注意。
1、保護堿基
酶蛋白在進行切割時，需占據識別位點兩邊的若干個堿基，被稱為保護堿基。
2、質粒高級結構
部分默克限制性內切酶無法切割高級結構的質粒，這時候就需適當加大酶的使用量，或用可適應高級結構的限制酶線性化質粒后再行切割。
3、甲基化保護
甲基化是細菌用來保護自己的基因序列不被內源性內切酶切割的一種機制。常見甲基化：Dam+、Dcm+、EcoKI+、EcoBI+與CpG（真核細胞）等。在實驗中一定要注意宿主細胞的甲基化信息。
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